南京林业大学轻工技术与工程一级学科目前设有制浆造纸工程和发酵工程2个二级学科。 
                                 1．“制浆造纸工程”二级学科
  南京林业大学制浆造纸工程学科于1963年底（当时的南京林学院林产化工系），由著名制浆造纸专家、国际木材科学院院士李忠正先生为组长、廖品玉为副组长等十四位青年教师，为当时国家人造纤维工业需要，创立了林产化工专业下的制浆专门化方向，并于1982年以林产化工（制浆造纸方向）招收研究生，1998年、2002年分别单独获“制浆造纸工程”硕士、博士学位授予权。学科现有制浆造纸工程江苏省品牌专业一个，江苏省制浆造纸科学与技术重点实验室一个，制浆造纸工程研究所一个。
学科拥有一支学缘和年龄结构合理、创新意识强、学术水平高、团结协作的师资队伍，现有教授13人（博士生导师9人），副教授（或相当于）12人；师资队伍中有国际木材科学院院士1人，美国特聘教授1人，另外国内外兼职教授4人；江苏省“333”高层次人才工程培养对象2人；许多教师都到过国外留学、进修或合作研发。 
  学科先后承担和完成了国家“六五”、“七五”、“八五”、“九五”重大科技攻关、国家自然科学基金重点项目和多项面上项目、林业技术引进项目、国家经贸委“产学研示范工程”项目、国家重点技术创新项目等国家和部省级近百项研究项目。获国家级科技进步奖2项，获省部级科技进步奖9项，国家发明专利18项，32项科技成果通过省部级鉴定。在产学研方面有极高的声誉，为推动我国资源综合利用、造纸工业环境保护、轻工行业经济可持续发展战略的实施做出了重大贡献。
学科有六个主要研究方向。
（1）制浆化学与工程
    本研究方向从事制浆过程有效利用纤维资源，即提高纸浆的得率，解决污染，节省能源和水源的研究，始终将三者紧密结合在一起。在研究对象上，不但研究木材为原料的高效制浆技术，而且结合我国纤维资源的实际情况，开发研究非木材和废纸制浆机理、工艺和工程系统研究。研究包括从浆料到纤维，从纤维到分子水平的研究。
（2）造纸化学与工程
    研究造纸湿部化学机理、工艺和工程应用；研究和开发特种纸的加工原理和技术，参与国际化市场的竞争；低成本高效生物固定化技术，淀粉改性增强新技术，新型湿法涂布新技术；从纤维柔软度、纤维的结构特性分析和评价纤维的机械特性以及影响纤维机械特性的主要因素，建立评价纸张特性的试验方法和手段，为深入了解纸张的结构性能，改善纸张的强度提供了理论依据。
（3）植物资源化学与工程
    主要研究包括新型造纸纤维原料开发，植物纤维主要化学成分化学结构和性质研究，工业木质素的特性与高附加值产品开发，制浆废液制备用于固沙和植被恢复的生态工程材料。
（4）制浆造纸装备与运行维护
    现代造纸机械监诊学研究：以信号采集、传输、分析处理理论为基础，以传感器、计算机、通信工程等现代高新技术为依托，结合现代造纸机械大型、连续、高速、复杂、技术含量高等特点，研究现代造纸机械在线或离线监诊学基础理论和实用监诊技术及具有网络化应用的智能化专家监诊系统。
造纸机械功能原理与开发研究：以流体力学、机械原理、制浆造纸工艺学为基础，研究造纸用（植物）纤维悬浮液这种特殊的非牛顿流体在造纸各工艺过程微观动态特性、基础理论，以此为理论依据研究开发新型的更有效的制浆造纸装备。
（5） 制浆造纸过程控制与自动化
    制浆造纸过程控制系统优化；制浆造纸过程模拟与计算机仿真技术；纸浆、纸张性质机器视觉检测技术；制浆造纸过程分析、软测量与控制技术；近红外技术在制浆造纸过程中的应用；制浆造纸过程信息化技术；制浆造纸检验检测仪器开发与研制。
（6）清洁生产与污染治理工程
    研究开发新的环境友好的制浆，造纸方法和过程；研究物理，化学，物理-化学，生物，物理-化学-生物技术处理制浆、造纸废液的物理化学机理，工艺和工程。
（7）印刷及图文信息再现与控制
    通过对纸张分子结构、印刷性能及图文信息要素（层次、色彩、光泽度、清晰度）的研究，深入探索图文信息要素与印刷纸张的辨证关系和控制规律；揭示纸张结构性能与油墨印刷适性及规律；印刷工艺环境与纸张印刷适性；未来印刷与纸张的研发。
联系导师： 李忠正、翟华敏、刘  真、胡慕伊、周小凡、戴红旗、张  辉、吴解生、曹云峰、金永灿、童国林、景  宜、龚木荣等。
                                 2、“发酵工程”二级学科
  发酵工程学科是由国家重点学科林产化学加工学科中的生物化工教研组、微生物学教研组和南京林业大学生物化工研究所于1998年为适应学科发展趋势和行业发展需要组建而成。现有专任教师13人，包括教授5人，副教授3人，高级工程师1人。其中留学回国或有国外进修经历人员5人；具有博士学位人员8人；博士生导师4人，硕士生导师3人。具有招收硕士生、博士生、博士后和工程硕士资格，现有硕士、博士研究生40余人。学科拥有基础设施良好、仪器设备先进、占地1800 m2的实验中心，该中心下设生物化学实验室、微生物学实验室、生物化工实验室和制药工程四个实验室，其中生物化工实验室系江苏省国家重点实验室培育点。学科目前承担科研项目共29项，其中国家及国务院各部门项目9项，国家自然科学基金9项，地方政府项目5项。
学科设有四个主要研究方向：
（1）微生物工程；（2）酶工程；（3）生化工程；（4）生物制药。
主要研究内容包括：
    以纤维素酶、木聚糖酶、壳聚糖酶、木质素酶、脂肪酶、漆酶等水解酶类为对象，研究不同用途酶制剂的制备技术、微生物酶合成机理及其调控措施、菌种筛选和诱变（包括分子育种）、酶学性质、分子结构、酶蛋白的分离纯化、酶的修饰（包括固定化技术）和酶在清洁能源、食品、造纸、饲料、环保等行业的应用等，尤其在制浆造纸清洁生产技术工业用酶的定向制备和应用有明显特色。
以植物纤维资源（包括农业废弃物、森林加工和粮食加工剩余物）或者植物纤维水解糖液为原料，研究采用固体或液体深层（包括固定化细胞技术）发酵方法发酵制取木糖醇、乙醇、单细胞蛋白、蛋白饲料、酶制剂等产品的技术方法、发酵机理、代谢调控以及微生物菌种的筛选等。该方向的研究可为农林废弃物和粮食加工剩余物的高值利用提供新的途径，利用农林废弃物生产能源酒精和蛋白饲料，一方面缓解了我国能源短缺和蛋白饲料短缺的状况，另一方面解决了长期以来困扰我国的农作物秸秆和粮食加工剩余物利用率低和污染环境的问题，符合我国可持续发展的战略。
纤维材料预处理制备燃料乙醇。开发有效的预处理技术是利用非粮作物（主要是植物纤维原料）生产生物酒精的关键，是降低纤维植物酶解成本、提高乙醇产量的核心技术。目前承担与美国North Carolina State University的国际合作研究课题“Pretreatment and enzymatic hydrolysis of lignocellulosic biomass for ethanol production”（木质纤维生物质制备生物乙醇的预处理与酶解研究），已经对阔叶木进行不同预处理技术的对比研究，提出了经济可行的预处理技术，适用于将传统的纸浆厂改造为酒精厂，使燃料乙醇的生产成本大幅度降低，为我国草浆造纸厂的转型及农业秸秆的高效综合利用提供技术保障。
联系导师： 余世袁、勇强、丁少军、姚春才、尤纪雪、金永灿、张厚民等